Clash of Clans biedt spelers verschillende opties voor het ontwerpen van hun bases, vooral voor Town Hall 11. Een goed gestructureerde basisindeling is essentieel voor zowel verdediging als grondstoffenbeheer. Spelers kunnen kiezen uit verschillende lay-outs die geschikt zijn voor verschillende speelstijlen, of ze nu prioriteit willen geven aan landbouwgrondstoffen of het aantal trofeeën willen maximaliseren. Elke lay-out heeft unieke functies waarmee spelers hun bezittingen kunnen beschermen tegen vijandelijke aanvallen en tegelijkertijd een efficiënte productie van grondstoffen kunnen garanderen.
De lay-out van de landbouwbasis is gericht op het veiligstellen van hulpbronnen zoals goud, elixer en donker elixer. Dit ontwerp plaatst opslagplaatsen doorgaans in de kern van de basis, omringd door verdedigingsgebouwen, om het voor aanvallers moeilijker te maken deze belangrijke structuren te bereiken. Aan de andere kant is een trofeebasis ontworpen om de kans op verlies van trofeeën tijdens multiplayer-gevechten te minimaliseren. Deze indelingen bevatten vaak strategisch geplaatste verdedigingswerken en vallen om aanvallers af te schrikken en het centrale stadhuis te beschermen.
Naast landbouw- en trofee-indelingen hebben spelers ook toegang tot verschillende kaarten en blauwdrukken om hun thuisdorp aan te passen. Er zijn talloze door de gemeenschap gemaakte basisontwerpen online beschikbaar, waardoor spelers verschillende strategieën kunnen verkennen en de meest effectieve lay-out voor hun behoeften kunnen vinden. Het regelmatig updaten van de basislay-outs in Clash of Clans is belangrijk naarmate het spel evolueert en er nieuwe tactieken ontstaan, waardoor spelers competitief blijven bij het verzamelen van grondstoffen en het verwerven van trofeeën.