Além da aldeia de origem, os layouts da prefeitura 9 também podem ser adaptados para as guerras do clã. Uma base de guerra bem projetada pode frustrar ataques inimigos e garantir que o clã do jogador assegure vitórias em batalhas. Isso geralmente envolve o design de um layout que maximiza o potencial defensivo da base, usando a localização das principais estruturas defensivas com habilidade para proteger edifícios centrais, como o Castelo do Clã e a própria Prefeitura. Os jogadores geralmente se referem a vários recursos e guias para encontrar os layouts de base de guerra mais eficazes.
Além disso, os layouts da base de troféus são outro aspecto crucial para os jogadores na prefeitura 9. Esses layouts são criados especificamente para se defender contra atacantes que desejam ganhar troféus por seu próprio avanço. Um forte layout da base de troféus é essencial para manter uma alta classificação no jogo e garantir a progressão através do sistema de troféus. Os jogadores geralmente trocam e procuram novas idéias para layouts, levando a uma meta em constante evolução para projetos de base no Clash of Clans.