Clash of Clans cung cấp nhiều bố cục căn cứ khác nhau cho người chơi, được thiết kế riêng cho Tòa thị chính 11. Mỗi bố cục được thiết kế để tối ưu hóa khả năng phòng thủ và quản lý tài nguyên đồng thời đáp ứng các chiến lược chơi khác nhau mà người chơi có thể áp dụng. Bố cục căn cứ có cấu trúc tốt là điều cần thiết để bảo vệ quân đội và tài nguyên khỏi các cuộc tấn công của kẻ thù, đặc biệt là trong môi trường cạnh tranh như chiến tranh bang hội và săn cúp. Người chơi phải cân nhắc việc bố trí các công trình phòng thủ, bẫy và nơi thu thập tài nguyên khi tạo căn cứ của mình.
Trò chơi bao gồm các tùy chọn cho một số loại bố cục căn cứ, chẳng hạn như căn cứ chiến tranh và căn cứ chiến lợi phẩm. Căn cứ chiến tranh được thiết kế đặc biệt để chống lại các cuộc tấn công trong chiến tranh bang hội, đảm bảo rằng căn cứ có thể phòng thủ hiệu quả trước những đối thủ đang cố gắng ghi điểm. Mặt khác, căn cứ cúp tập trung vào việc bảo vệ cúp để duy trì thứ hạng cao hơn trong trò chơi. Mỗi loại đòi hỏi phải suy nghĩ cẩn thận để cân bằng việc sắp xếp các tòa nhà, đảm bảo rằng hệ thống phòng thủ được bố trí tốt và có đủ vùng đệm để làm chậm những kẻ tấn công.
Ngoài cách bố trí làng quê, người chơi cũng có thể tìm thấy các bản đồ được cộng đồng chia sẻ thể hiện các chiến lược và phong cách thiết kế căn cứ khác nhau. Những bố cục được chia sẻ này có thể giúp người chơi hiểu được cấu hình hiệu quả được những người chơi hàng đầu sử dụng. Một số tài nguyên thậm chí còn cung cấp các liên kết hoặc công cụ trực tiếp để người chơi dễ dàng sao chép bố cục vào trò chơi của riêng họ. Điều này cho phép người dùng dễ dàng thử nghiệm các thiết kế đã được chứng minh có thể nâng cao hiệu suất của họ trong trò chơi.