Nhu cầu bố trí căn cứ trong Clash of Clans luôn rất lớn, đặc biệt khi người chơi đạt đến cấp độ cao hơn như Tòa thị chính 13. Người chơi thường tìm kiếm những thiết kế hiệu quả cho làng quê, căn cứ chiến tranh và căn cứ chiến lợi phẩm của họ để tối đa hóa lợi thế chiến lược của họ trong cả lối chơi tấn công và phòng thủ. Cách bố trí căn cứ được quy hoạch tốt có thể tạo nên sự khác biệt giữa chiến thắng và thất bại trong các trận chiến và chiến tranh gia tộc.
Đối với Tòa thị chính 13, người chơi có nhiều lựa chọn khác nhau về thiết kế bố cục. Nhiều người tập trung vào việc bảo vệ các công trình quan trọng như Tòa thị chính, vì việc mất nó có thể dẫn đến tổn thất nặng nề về chiến tích hoặc thất bại trong các cuộc chiến bang hội. Cách bố trí nên xem xét việc bố trí hiệu quả các biện pháp phòng thủ, bẫy và tài nguyên để ngăn cản những kẻ tấn công và giảm thiểu thiệt hại cho làng.
Một khía cạnh phổ biến của thiết kế căn cứ là cách bố trí căn cứ chiến tranh, nơi người chơi tìm cách tạo ra các cấu hình có thể chống lại các cuộc tấn công phối hợp từ phe địch. Những căn cứ này thường có Tòa thị chính tập trung và các tòa nhà phòng thủ được bố trí cẩn thận để đưa kẻ tấn công vào bẫy hoặc khu vực tiêu diệt. Bằng cách phân tích các chiến lược tấn công mà đối thủ sử dụng, người chơi có thể tinh chỉnh căn cứ chiến tranh của mình để có khả năng phòng thủ tối ưu.
Căn cứ cúp là một kiểu bố trí quan trọng khác, nhằm mục đích bảo vệ cúp và đạt được thứ hạng cao hơn trong trò chơi. Người chơi thường thiết kế các căn cứ chiến lợi phẩm khó đột kích hiệu quả hơn, đảm bảo rằng ngay cả khi một cuộc tấn công xảy ra, việc mất chiến lợi phẩm sẽ ở mức tối thiểu. Điều này đòi hỏi sự sắp xếp chiến lược các công trình phòng thủ để kiểm soát dòng quân địch.