Đối với Clash of Clans, người chơi thường tìm cách bố trí căn cứ hiệu quả để tối ưu hóa lối chơi của mình. Cách bố trí căn cứ gồm 14 tòa thị chính là rất quan trọng để thành công, cung cấp sức mạnh chiến lược cho dù bạn tập trung vào việc trồng trọt, tham gia vào các cuộc chiến tranh gia tộc hay nhắm đến số lượng chiến tích cao. Mỗi loại căn cứ có thiết kế riêng phù hợp với các mục tiêu cụ thể, cho phép người chơi bảo vệ tài nguyên hoặc giành lợi thế trong trận chiến.
Ngoài cách bố trí tòa thị chính, người chơi có thể chọn từ nhiều thiết kế căn cứ khác nhau như làng quê hoặc căn cứ nông nghiệp. Căn cứ canh tác đặc biệt quan trọng đối với những người muốn thu thập tài nguyên một cách hiệu quả đồng thời giảm thiểu thất thoát chiến lợi phẩm trong các cuộc tấn công. Mặt khác, các căn cứ chiến tranh được thiết kế để chống lại các cuộc tấn công của kẻ thù, bảo vệ chiến lợi phẩm và phần thưởng của bang hội. Căn cứ cúp cũng tập trung vào việc giành cúp để nâng cao thứ hạng của bạn trong trò chơi.
Người chơi có thể dễ dàng tìm và sao chép bố cục căn cứ từ cộng đồng, được chia sẻ thông qua các diễn đàn và trang web chuyên dụng. Những bản đồ này đóng vai trò là hướng dẫn toàn diện, giúp những người khác thiết lập ngôi làng của họ với cách bố trí và phòng thủ hiệu quả. Khi trò chơi liên tục phát triển, việc luôn cập nhật các thiết kế cơ sở tốt nhất—dù là để trồng trọt, chiến tranh hay chiến lợi phẩm—sẽ mang lại cho người chơi lợi thế cạnh tranh.