Clash of Clans mang đến cho người chơi nhiều lựa chọn để thiết kế căn cứ của mình, đặc biệt là cho Tòa thị chính 11. Bố cục căn cứ có cấu trúc tốt là điều cần thiết cho cả việc phòng thủ và quản lý tài nguyên. Người chơi có thể chọn từ nhiều cách bố trí khác nhau để phục vụ cho các phong cách chơi khác nhau, cho dù mục đích của họ là ưu tiên tài nguyên canh tác hay tối đa hóa số lượng chiến tích. Mỗi bố cục đều có những tính năng riêng biệt có thể giúp người chơi bảo vệ tài sản của mình khỏi các cuộc tấn công của kẻ thù đồng thời đảm bảo sản xuất tài nguyên hiệu quả.
Bố trí cơ sở canh tác tập trung vào việc đảm bảo các tài nguyên như vàng, tiên dược và tiên dược hắc ám. Thiết kế này thường đặt các kho chứa ở lõi căn cứ, được bao quanh bởi các tòa nhà phòng thủ, để khiến kẻ tấn công khó tiếp cận những công trình quan trọng này. Mặt khác, đế cúp được thiết kế để giảm thiểu khả năng mất cúp trong các trận chiến nhiều người chơi. Những cách bố trí này thường bao gồm các bẫy và phòng thủ được bố trí một cách chiến lược để ngăn chặn những kẻ tấn công và bảo vệ Tòa thị chính trung tâm.
Ngoài cách bố trí trang trại và chiến lợi phẩm, người chơi còn có thể truy cập vào nhiều bản đồ và bản thiết kế khác nhau để tùy chỉnh ngôi làng quê hương của mình. Có rất nhiều thiết kế căn cứ do cộng đồng tạo ra trực tuyến, cho phép người chơi khám phá các chiến lược khác nhau và tìm ra cách bố trí hiệu quả nhất cho nhu cầu của họ. Việc thường xuyên cập nhật bố cục căn cứ trong Clash of Clans là điều quan trọng khi trò chơi phát triển và các chiến thuật mới xuất hiện, đảm bảo người chơi duy trì tính cạnh tranh trong cả việc thu thập tài nguyên và giành cúp.